A Marinha Mercante Brasileira está competindo com navios que não pagam encargos sociais a seus tripulantes. São os chamados navios de bandeira de conveniência que são operados por empresas que não pagam nenhum tipo de imposto ou taxa, além de terem tarifas anuais de menos de US$ 1.000 por navio, por ano. No Brasil, os tributos trabalhistas chegam a 140% acima dos salários pagos.
Um navio de bandeira estrangeira apresenta um custo operacional significativamente menor que o de um navio operando sob a bandeira brasileira. Daí a pouca atratividade que o setor apresenta, resultando em pouquíssimos novos investimentos e em praticamente nenhuma renovação da frota atual.
Mais de 60% da frota mercante mundial está hoje registrada no sistema de “bandeira de conveniência”. O restante da frota, embora registrado em bandeiras nacionais, recebe toda sorte de subsídios e incentivos, a maioria deles procurando tornar as condições particulares de cada país similares às oferecidas pelas bandeiras de conveniência.